À partir de la naissance, chaque être humain établit une symbiose avec son microbiote qui joue un rôle clef dans le maintien de sa santé et de son bien-être. Cette co-existence symbiotique individuelle est le résultat d’une succession d’enrichissements de la diversité des microorganismes commensaux par des apports extérieurs. Cette diversité se trouve néanmoins menacée depuis peu par des changements drastiques dans nos habitudes de vie comme la prise en charge des naissances, l’environnement extérieur, l’alimentation et les pratiques médicales. Les deux dernières générations ont été le cadre de modifications importantes des modes de vies et d’alimentation, avec une augmentation de la sédentarité, une suralimentation et une exposition importante aux médicaments et aux polluants. Nous sommes maintenant en mesure d’évaluer l’impact de ces changements sur la diversité du microbiote intestinal. Parallèlement à ces modifications du mode de vie, on a pu observer une explosion de l’incidence de maladies liées à un dysfonctionnement du système immunitaire comme les maladies métaboliques, les allergies et les maladies inflammatoires et plus étonnamment des maladies neurodégénératives et des désordres psychiatriques. Le microbiote est devenu un sujet d’actualité dans la communauté scientifique ainsi que dans les medias grand public. Le nombre de publications scientifiques a augmenté d’un facteur trois sur les cinq dernières années, les domaines des maladies gastro-intestinales et liées aux dysfonctionnements métaboliques étant les plus étudiés. D’un point de vue de la propriété intellectuelle, les familles de brevets traitant du microbiote ont plus que doublé sur la même période. En parallèle, les financements provenant soit des organisations étatiques (par exemple du National Institute of Health [NIH] qui finance les recherches essentiellement dans le domaine des allergies, des anti-infectieux, du cancer et des maladies cardio-vasculaires, ou de la Maison Blanche qui a lancé l’initiative nationale sur le microbiome) soit des entreprises pharmaceutiques ont suivi la même tendance et reflètent une poussée des investissements et un soutien important de ce domaine de la recherche sur le microbiote. Tous les acteurs majeurs de la santé investissent actuellement dans la recherche sur le microbiome ce qui se traduit par le grand nombre de contrats et de financements signés en 2015. La table ronde des Ateliers de Giens s’est intéressée à envisager comment la médecine de demain, en considérant l’homme comme un supra-organisme symbiotique homme–microbes, pourra bénéficier du savoir acquis sur les fonctions du microbiote et sur le microbiome en tant qu’outil thérapeutique. La réflexion de notre groupe de travail a été structurée autour de quatre domaines d’innovation qui pourraient bénéficier des efforts réalisés actuellement afin de déchiffrer les interactions entre cellules humaines et le microbiome intestinal, en tant qu’élément central de la santé humaine, c’est-à-dire : 1) le développement d’outils de stratification et de monitorage ; 2) l’identification de cibles originales et de nouvelles drogues à partir du microbiome en tant que partie de notre supra-génome ; 3) l’exploitation du microbiote en tant que cible thérapeutique qui peut être modulable ; et enfin, 4) comme source de biothérapeutiques vivants ou d’adjuvants. Ces quatre chapitres vont permettre de montrer comment le microbiote a modifié notre façon de considérer un grand nombre de maladies chroniques et incurables comme les conséquences d’une dysbiose établie et durable. L’analyse en profondeur du microbiote est le point de départ d’un des plus vastes chantiers de recherches qui permettra l’amélioration de la santé humaine et animale et qui deviendra la source d’innovations médicales pour couvrir les gaps thérapeutiques d’aujourd’hui. Nous proposons donc une série de recommandations que nous adressons aux chercheurs académiques, aux cliniciens ainsi qu’aux autorités de santé, afin que les analyses du microbiote gagnent en fiabilité et solidité. Ceci permettra d’accélérer le processus de découvertes et ainsi que leurs applications afin que tous puissent en bénéficier.